Tudo se passa, em Heartland, uma cidade do futuro, a cidade onde nasce o Duelo com Realidade Aumentada. Lá, um jovem apaixona-se por este tipo de duelos: Tsukumo Yuma. Durante um combate com Shark, Yuma encontra Astral, um visitante misterioso de outro universo. Este encontro parece “arranjo” do destino. Se, por um lado, Yuma precisa de Astral para ensiná-lo a melhorar as suas capacidades para os duelos, também é verdade que Astral precisa de Yuma para ajudá-lo a recuperar as suas memórias perdidas! Tudo se conjuga para que formem uma dupla imbatível... O problema é que Yuma e Astral não se entendem! No entanto, As diferenças terão que ficar de lado e deverão começar a agir em conjunto, até porque ZEXAL é um duelo totalmente novo com desafios maiores do que nunca! Novos monstros fantásticos! Novas e poderosas cartas! Duelos em realidade aumentada!